Если вы хотите просто заделать штроб и оставить так как есть — то конечно используйте штукатурку. Если Вы будете потом плитку ложить — то можно было и гипсом заделать, можно и специальными плиточными клеями.
Что лучше использовать для гидроизоляции?
Лучший вариант — окрасочная гидроизоляция — мастика холодного типа. С её нанесением вы справитесь самостоятельно. Используются обычные кисти. Мастика наносится в 3 слоя.